Mulai tahun ajaran 2019-2020 SMP Santo Yoseph dipimpin oleh kepala sekolah yang baru, beliau adalah seorang biarawati yang bernama Sr. Imeldine Rumengan SJMJ, S. Pd.
Berikut ini adalah nama-nama suster yang pernah menjadi kepala sekolah di SMP Santo Yoseph:
- Sr. Alfonsa OSF (1964-1967)
- Sr. Canisia Dekkers OSF (1967-1972)
- Sr. Theresia OSF (1972-1974)
- Sr. Suitbertha OSF (1974-1976)
- Sr. Imeldine Rumengan SJMJ, S. Pd (2019 – sekarang)
Semoga dibawah kepemimpinan Suster Imeldine SMP Santo Yoseph semakin maju dan berkembang.